Rozgrywkę podzielono na trzy scenariusze, odpowiadające konkretnym odcinkom filmowej trylogii. Najpierw zwiedzimy więc kompleks na planecie LV-426 (Aliens), później przeniesiemy się do więzienia na Fiorinie 161 (Alien 3), by w końcu stoczyć ostateczną batalię z Xenomorphami na statku kosmicznym Nostromo (Alien). Wszystkie misje podzielono na kilka mniejszych sekcji, w których do wykonania mamy konkretne zadanie. Oprócz typowej dla strzelanin eksterminacji wszystkich potworów, czasem trzeba też odnaleźć jakiś przedmiot lub włączyć maszynerię dostarczającą prąd do dalszej sekcji. Na końcu każdego epizodu Ripley musi stoczyć pojedynek z Królową Obcych. Jak nietrudno się domyślić, w sumie czekają nas trzy takie batalie.