Oczywiście, jeśli chodzi o przygody z trzech pierwszych filmów z Indym w roli głównej, nie mamy do czynienia z odgrzewanym kotletem, czyli nieco „podrasowaną” częścią pierwszą gry. Twórcy dodali szereg nowości, w tym zadań, poziomów (pamiętna scena pościgu po ulicach Szanghaju z Shortym za kierownicą) czy pojazdów: m.in. samoloty, łodzie czy wagoniki w kopalniach. Główny bohater również przeszedł metamorfozę – graficy dorzucili mu kilka nowych animacji, a programiści stworzyli bardziej funkcjonalny bicz. Przykładowo, Indy może przyciągnąć nim do siebie przeciwnika, a następnie przerzucić go przez ramię. Dzięki Królestwu Kryształowej Czaszki mamy też możliwość wcielenia się w jednego z jego bohaterów, Mutta Williama i wzięcia udziału w szaleńczej jeździe na jego nieodłącznym motocyklu oraz skorzystania z mocy tytułowego artefaktu.