Lajajoga kładzie nacisk na praktykowanie takich grup ćwiczeń jak mantra, mudra i jantra – odpowiednio praca z dźwiękiem, postawą i gestem, oraz praca ze znakami i symbolami (mandala). Podana kolejność uwzględnia także metodologię wprowadzania ćwiczeń, o czym często zapominają nauczyciele wiedzy o ćakramach na Zachodzie ucząc w dosyć przypadkowy sposób w porównaniu z metodyką mistrzów Wschodu. Mantra oczyszcza narząd mowy i zmysł słuchu, mudra uzdatnia ciało dla przepływu wyższych energii, a jantra pozwala na łączenie z wyższymi istotami niebiańskimi. W fazie doznawania kontaktu z wyższymi bytami, należy być bardzo ostrożnym, gdyż nie wszystkie byty bezcielesne bywają zaraz Bogami czy Boginiami, a światy demoniczne też są pełne bezcielesnych duchów, często udających bóstwa.

Jeżeli chodzi o ćwiczenia typu asany – jogiczne pozycje kojarzone zwykle z jogą, system lajajogi używa głównie pozycji medytacyjnych: siedzących (siad klęczny, lotos), stojących (drzewo), leżących (śawasana) oraz spacerowania. Oczywiście z odpowiednim skupieniem, wizualizacją, rytmem oddychania czy modlitwą (mantrą). Praktykuje się dużo form pokłonów i półpokłonów oraz ruchów rytualnych czy ofiarniczych zwanych sthulla krija. Do praktyki lajów należą też dobrze znane w północnej Indii tak zwane biegi transcendentalne, przypominające jogging oraz spokojne leżenie na wodzie z minimalną ilością ruchu niezbędnego do utrzymania się na powierzchni. Jest to tak zwany relaks wodny połączony z sesją intensywnego oddychania oczyszczającego.

Lajajoga u podstaw słusznie kojarzona jest jako mistyczna droga, marga do zjednoczenia z Bogiem (Absolutem) przez intensywne modły, mantrowanie, medytacje z wyobrażeniem światła i oddawanie czci (pokłony, wielbienie), które prowadzą do przebudzenia mocy kundalini. Praca z ćakramami, ćakroterapie jakie powszechnie występują na Zachodzie stając się coraz popularniejsze, należy odnosić bardziej do metod praktyki lajajogi niż do metod kundalinijogi której są przypisywane. Niestety z punktu widzenia metodologii lajajogi, często zachodnie systemy ćakroterapeutyczne pozbawione są elementarnych podstaw, takich jak prawidłowe nawiązywanie łączności z bóstwem z pomocą intensywnych praktyk długotrwałego wielbienia jakiejś odpowiedniej formy dewy