Cossacks II: Napoleonic Wars posiada zaawansowany system dyplomatyczny i nowy system ekonomiczny, dzięki którym gracz może wpływać na stosunki z sąsiadami, zawierać pakty i sojusze, ustanawiać embarga handlowe, itp. Należy tu jednak zaznaczyć, iż gracz ma tylko globalną kontrolę nad państwem, zaś poszczególne miasta, prowincje czy wioski dysponują swoim własnym automatycznym system odpowiadającym za ich funkcjonowanie, ekonomię, handel i rozwój.

Twórcy postarali się również o to, by bitwy były jeszcze bardziej realistyczne i efektowne, oraz o to, by można było w prostszy sposób dowodzić oddziałami na polu walki. Dlatego też w Cossacks II zaimplementowano nowy interfejs i system sterowania wojskami pozwalający na stosowane różnych ówczesnych formacji bojowych i wykorzystywanie w walce ukształtowania i typu terenu (strzelcy mają niższą skuteczność w lesie, kawaleria grzęźnie w terenie podmokłym, itp.). Starannie odwzorowano również oddziały każdego z państw oraz parametry wpływające na ich skuteczność w tym: morale, stopień wyszkolenia, doświadczenie, zmęczenie, itp. Łącznie w bitwach może brać udział nawet do 64 tysięcy jednostek.