Akcja filmu rozpoczyna się od momentu zamachu na życie Ojca Świętego w 1981 roku, ale film opowiada historię życia Karola Wojtyły od 1939 roku do śmierci w kwietniu 2005 roku.

Znalazły się w nim także retrospekcje z jego dzieciństwa, kiedy jeszcze żyła matka Karola Wojtyły.
W filmie przedstawiono wojenne losy Karola Wojtyły i powojenną Polskę, pozostającą pod wpływem sowieckiego totalitaryzmu. Następnie pokazano upadek komunizmu i głębokie zmiany, które wpłynęły na bieg historii całego świata i rolę Jana Pawła II w tych historycznych przemianach.


"Jan Paweł II" to wspólne dzieło amerykańskiej telewizji CBS, włoskiej Rai Uno oraz polskiej TVP.
Z gotowego materiału, każda ze stron koproducenckich przygotowała własną wersję, która była lub będzie wyemitowana w TV. Polscy producenci zrobili aż dwie - krótszą, kinową oraz dłuższą, telewizyjną. O ile decyzja o dostosowaniu filmu do narodowości jego odbiorcy, jest zrozumiała, o tyle pomysł, by pokazać produkcję telewizyjną w kinie, pozostaje zagadką. Przynajmniej artystyczną.

"Jan Paweł II" otwiera się sceną zamachu na życie papieża, który leżąc na sali operacyjnej wspomina swoje życie oraz drogę na tron piotrowy. Akcja kończy się 2 kwietnia 2005, tuż przed godziną 22-gą.

Film Johna Kenta Harrisona to skonwencjonalizowana biografia, której motto brzmi "Jan Paweł II wielkim człowiekiem był". I jest to fakt bezdyskusyjny nie tylko dla twórców filmu, ale i dla szerokiego grona jego odbiorców, co nie dziwi. Nieco zaskakuje brak próby odpowiedzi na pytanie o przyczyny wielkości papieża. Choć może nie powinno - amerykański pragmatyzm jest po prostu bezradny w obliczu fenomenu Karola Wojtyły oraz katolicyzmu w ogóle.

W filmie jest mowa o wierze, o sferze duchowości, ale ich obecności na ekranie nie czuć.