Minął rok odkąd w Haven City zapanował spokój po tym jak Jak i Daxter wyplewili wszelkie zło panujące w tej olbrzymiej metropolii. Tymczasem do miasta przybyli nowi złoczyńcy, lepiej uzbrojeni i znający najlepsze akcje Jaka. Ludzie, tracąc wiarę w wielką moc chroniącego ich młodzieńca, przyczyniają się do zesłania Jaka do niegościnnego Wasteland. Ta pustynna kraina jest niemal pięć razy większa niż Haven City, a podczas jej przemierzania przyjdzie nam odwiedzić takie miejsca, jak wulkan i ciągnące się kilometrami kopalnie. Wielką rolę w takich warunkach odegrają różnego rodzaju pojazdy z wiernym buggy na czele. Aby eksterminacja tysięcy potworów zamieszkujących tę krainę przebiegała w sposób kontrolowany, autorzy przygotowali dla nas kilkanaście nowych broni o wielokrotnie zwiększonej mocy (w stosunku do broni występujących w poprzedniej części gry).