Fabuła tytułu kontynuuje przygodę znaną graczom z Invizimals: Następny wymiar, dzięki czemu użytkownik ma możliwość zwiedzenia tajemniczej strefy cienia aby uratować uwięzionego tam Keniego. W trakcie tej niebezpiecznej wyprawy rozgrywający odkryje 70 zupełnie nowych stworzeń oraz 80 ulubionych zwierzaków z poprzednich gier. Każdy Invizimal w swój niepowtarzalny sposób pomoże ujawnić złowrogi spisek, przygotowywany przez znanego wroga. Za zwycięstwo przyznawane są cenne Waty, cenna waluta za którą można trenować Invizimale i przeistoczyć je dzięki temu w bestie bojowe. Jeżeli gracz ma ochotę na nową zabawę, może rozpocząć całkowicie nową przygodę sterują poczynaniami Jazmin lub Alexa.

Invizimals: Zaginione Plemiona pozwala na prowadzenie zabawy w trybie gry wieloosobowej.

Grafika tytułu jest trójwymiarowa i dopracowana.