Incubation to strategia turowa wzorująca się na pierwszej części X-COM: UFO, której fabuła nawiązuje do motywów science-fiction znanych z filmu Obcy. Na skolonizowanej planecie Scayra, nieznany wirus zaraził mieszkańców zamieniając ich w krwiożerczych morderców. Naszym zadaniem jest poprowadzić drużynę dziesięciu komandosów do walki z mutantami w mrocznym mieście Scay-Hallwa. Do wykonania mamy ponad 30 misji bojowych, w których musimy powstrzymać rozprzestrzenianie się wirusa i ewakuować ocalałych ziemskich kolonistów.