Inazuma Eleven 3 Lightning Bolt to kolejna cześć, gdzie drużyna piłki nożnej z gimnazjum Raimon stara się wygrywać. Kapitan zespołu, Mark Evans, chce wykorzystać umiejętności i przywrócić ducha walki wśród kolegów. Tym razem akcja rozgrywa się na arenie międzynarodowej, trudnym celem jest wygranie International Championships, a być stać się najlepszym zespółem na świecie!

Inazuma Eleven 3 Lightning Bolt powstała jako unikalna formuła z elementami RPG w połączeniu z typowymi zasadami piłki nożnej, tym razem gra jest jeszcze bardziej wciągąca niż wcześniejsze wersje, po raz pierwszy gra jest w 3D, co sprawia, że ciosy specjalne i sceny bitewne jeszcze bardziej są efektowne. Nowe funkcje na boisku dają wiecej możliwości, aby stać się specjalistą taktycznym drużyny.