Gra ma dwie główne bohaterki. Pierwsza to młoda i atrakcyjna kobieta Kate Wilson, natomiast druga z nich to woda. Cała rozgrywka, jak i wątek fabularny wiąże się z życiodajnym płynem, a przygotowany przez developerów specjalnie na potrzeby gry silnik HydroEngine sprawia, że woda zachowuje się dokładnie tak, jak w rzeczywistości.

Akcja toczy się na pokładzie przemierzającego Ocean Indyjski statku Queen of the World. Kate postanowiła rozpocząć pracę na tym luksusowym okręcie, by przezwyciężyć swój strach związany z wodą. Kontrolę nad bohaterką przejmujemy, gdy statek trafia w ręce terrorystów. Od tej pory to właśnie woda jest naszym jedynym sprzymierzeńcem. Wykonując takie czynności jak otwieranie i zamykanie włazów czy wybijanie okien, manipulujemy przepływem cieczy w taki sposób, aby eliminować wrogów, tworzyć pułapki, czy choćby przenosić przedmioty (np. ładunki wybuchowe) z jednego pomieszczenia do drugiego, bez potrzeby własnoręcznego przesuwania ich.

Oczywiście często ta sama woda stanowi też dla nas śmiertelne zagrożenie. Musimy rozwiązać dziesiątki zagadek, aby uniknąć sytuacji, w której możemy się utopić. Gra jest utrzymana w mrocznym i klaustrofobicznym klimacie. Statek przemierzamy w samotności, nierzadko trafiając na wąskie, ciasne korytarze.

Hydrophobia w wersji na Xboksa 360 nie spotkała się z ciepłym przyjęciem graczy, dlatego twórcy znacząco usprawnili swojego dzieło przed wydaniem Prophecy na PC i PlayStation 3. Przygotowano ulepszoną oprawę graficzną, mechanikę rozgrywki, zupełnie nowe poziomy, odświeżony dubbing, czy nawet warstwę fabularną – włącznie ze zmienionym zakończeniem historii.