Podobnie jak film, gra podzielona została na dwie części, tak, aby ukazać w pełni finalne zmagania młodego czarodzieja z Lordem Voldemortem. Część pierwsza rozpoczyna się w momencie, gdy Harry wraz ze swoimi wiernymi towarzyszami – Ronem i Hermioną – wyrusza na niebezpieczną misję, której celem jest odnalezienie i zniszczenie artefaktów zapewniających Voldemortowi nieśmiertelność i potęgę – horkruksów. Pozbawiona pomocy i opieki swoich nauczycieli trójka przyjaciół, musi teraz polegać wyłącznie na sobie, i to bardziej niż kiedykolwiek.

W międzyczasie świat czarodziejów zamienia się w groźne miejsce dla przeciwników Mrocznego Pana. Śmierciożercy przejmują kontrolę nad Ministerstwem Magii, a nawet Hogwartem, zastraszając i aresztując wszystkich, którzy mogą się im sprzeciwić. Jedyną nadzieją na powstrzymanie zła jest Harry Potter, który musi znaleźć horkruksy zanim Voldemort go dopadnie.

Harry Potter i Insygnia Śmierci to najmroczniejsza część sagi przygód Harry Pottera, w związku z czym zmianom uległ sposób rozgrywki. Tym razem nacisk położony został na zmagania z poplecznikami Voldemorta, tak więc zamiast gry stricte zręcznościowo-przygodowej otrzymaliśmy produkcję z dużą ilością sekwencji bitewnych. Jako główny oręż w starciach ze Śmierciożercami, Dementorami czy Szmalcownikami, naszemu bohaterowi służy oczywiście różdżka oraz cały arsenał ofensywnych i defensywnych zaklęć. Natomiast dla zwolenników mniej siłowych rozwiązań przygotowano alternatywne sposoby „walki“ z przeciwnikami – Pelerynę Niewidkę, Eliksir Wielosokowy czy Peruwiański Proszek Natychmiastowej Ciemności.