Rolę głównego bohatera pełni Gordon Freeman, czyli naukowiec znany z pierwszego epizodu cyklu H-L. Tym razem protagonista trafia do miasta o nazwie City 17, na obszarze którego toczy się spora część akcji gry (ogółem czternaście rozbudowanych rozdziałów). Naczelnym antagonistą jest z kolei dr Wallace Breen – marionetkowy władca Ziemi z ramienia obcej rasy Combine, okupującej macierzystą planetę homo sapiens. Oczywiście eksplorując wirtualny świat ścieramy się z mnóstwem pomniejszych przeciwników – począwszy od pamiętanych jeszcze z „jedynki” Headcrabów (kilka różnych wariantów), poprzez podobne do pająków Antliony, a skończywszy na członkach służb policyjnych. Wrogów eliminujemy rzecz jasna przy pomocy wielu odmiennych rodzajów broni – np. łom, rewolwer, strzelba oraz futurystyczna kusza i działko grawitacyjne.