Nazywasz się Nate Renko, jako pilot sił powietrznych USA zostałeś wysłany z misją na tajemniczą wyspę Katorga-12 położoną niedaleko południowo-wschodniego wybrzeża Rosji, aby zbadać źródło dziwnego promieniowania radioaktywnego. Katorga-12 w czasach Zimnej Wojny służyła Rosjanom jako poligon do badań nad pierwiastkiem 99. Badania na wyspie zakończyły się w roku 1950, w wyniku katastrofy zwanej Singularity...
Gra rozpoczyna się w momencie twojego awaryjnego lądowania na wyspie, po odzyskaniu przytomności szybko orientujesz się, że czas na wyspie nieprzerwanie skacze od 1950 do 2010 roku. Od tej chwili twoim celem będzie odnalezienie drugiego pilota i ucieczka z wyspy.
W walce z wrogo nastawionymi wojskami rosyjskimi z obu stuleci oraz zmutowaną fauną i florą wyspy pomoże ci Time Manipulation Device (TMD). TMD to urządzenie, dzięki któremu będziesz mógł wysyłać przedmioty lub ludzi w przeszłość i w przyszłość, a także sprawić, że przedmiot "zawiśnie" w czasoprzestrzeni. Używanie TMD będzie możliwe w czterech różnych trybach: Revert, Age, Stasis oraz Impulse, dzięki temu ostatniemu urządzenie może być wykorzystane jako broń, emitując potężną falę energii.