W grze Daxter wcielamy się w jedną z postaci tworzących nierozłączną parę bohaterów znaną z serii gier Jak and Daxter i staramy się rozwikłać niezwykle tajemniczą zagadkę. Przejmujemy kontrolę nad łasico-podobnym Daxterem, który po dwóch latach poszukiwań przyjaciela jest kompletnie wyczerpany i skołowany. Przedstawione wydarzenia mają miejsce jakiś czas przed historią, opowiedzianą w drugiej części popularnej serii zręcznościówek wydawanych pod szyldem Jak and Daxter. Osamotniony Daxter oczekuje, iż pomożemy mu zdobyć ślady, które doprowadzą go do Jaka, przetrzymywanego przez nieznanych sprawców gdzieś w potężnym mieście Haven City.