Nazywasz się Alex Mercer i nie jesteś zwykłym człowiekiem - jesteś PROTOTYPE: zmiennokształtnym obdarzonym niesamowitymi umiejętnościami walki, zniszczenia i podstępu. Wchłaniasz swoich przeciwników, by użyć ich wyglądu i wspomnień tworząc kopię doskonałą, niewykrywalny kamuflaż. Potrafisz w ułamku sekundy uczynić ze swego ciała prawdziwą, biologiczną broń masowej zagłady. Wszystko to, by dotrzeć do samego serca skrywanej tajemnicy. Przemierz ulicę Nowego Jorku w poszukiwaniu życia, jakie wiodłeś wcześniej. Przybierz kształt dowolnej osoby, która stanie Ci na drodze. Używaj swych mocy do woli.
Unikatowe zdolności: Wciel się w najpotężniejszego bohatera w historii gier i odkryj moce, jakich dotąd nie posiadł nikt wcześniej! Dowolność kształtu: Wykorzystaj swoje ciało jako najbrutalniejszą z broni. Atakuj i niszcz, tnij, przebijaj, rzucaj bez litości. Niespotykany kamuflaż: Nie udawaj kogoś innego, po prostu nim bądź! Zmień swój wygląd, by odtworzyć w najdrobniejszym szczególe postacie spotkane na ulicach Nowego Jorku. Niezwykły świat thrillera: Nowy Jork to twój rewir. Zatłoczony, tętniący życiem, pełen żywo reagujących tłumów ludzi i twoich wrogów gotowych cię zniszczyć przy każdej nadarzającej się okazji! Teoria spiskowa: Dotrzyj do najbardziej skrywanej tajemnicy rządu Stanów Zjednoczonych i odkryj, kto jest odpowiedzialny za twój stan, bo tylko ty możesz znaleźć interesujące cię odpowiedzi!