Fabuła Patapon 3 rozpoczyna się w miejscu, w którym kończyły się wydarzenia przedstawione w drugiej części serii. Po przekroczeniu mostu, przez który plemię opuściło krainę Kameponów (miejsce akcji Patapon 2), na drodze sympatycznych stworków pojawia się tajemnicza skrzynka. Ciekawskie Patapony decydują się sprawdzić, co kryje się w jej wnętrzu. Niestety, w tym momencie uwalniają siedem złych duchów, które przemieniają plemię w kamień. Tylko dzierżącemu proporzec Hataponowi udaje się uciec. Na dnie skrzyni znajduje on srebrnego Hosipiona, który daje mu nową moc zdolną pokonać złe duchy – Super-Patapona.

Podstawową nowością w grze są postaci Super-Pataponów (Super Hero Patapon). Wyróżniają się one nie tylko specyficzną, kolorową czupryną, ale także specjalnymi rodzajami broni i potężnymi atakami. Ich wygląd i umiejętności gracze mogą dostosować według własnego uznania. Ważnym aspektem gry jest rozwój Super-Pataponów. W przeciwieństwie do większości gier z gatunku RPG awansowanie na kolejne poziomy wymaga nie tyle anihilacji przeciwników, ile gromadzenia kolejnych komponentów. Dzięki nim Super-Patapony mogą zwiększać swoje umiejętności, ale również przemieniać się w poszczególne rodzaje bardziej pospolitych współplemieńców.