W LEGO Star Wars III: The Clone Wars bierzemy udział w międzygalaktycznym konflikcie pomiędzy Republiką a siłami Separatystów, znanym jako Wojny Klonów. Przedstawioną historię śledzimy z punktu widzenia kilkunastu różnych bohaterów,
a kolejnych możemy odblokować kończąc główny wątek fabularny. Całość została oparta na motywach popularnego serialu animowanego. To oznacza, że podczas zabawy spotykamy wiele charakterystycznych postaci, które oglądaliśmy tylko w nim. Historia jest podzielona na trzy odrębne scenariusze, dotyczące trzech różnych przeciwników: hrabiego Doku, generała Grievousa oraz Asajj Ventress. Każdy scenariusz składa się z 6 misji odpowiadających kolejnym odcinkom serialu.

The Clone Wars to typowy przedstawiciel „klockowej” serii studia Traveller’s Tales. Gracze otrzymują więc kilkadziesiąt etapów, które można przejść w dwuosobowym trybie kooperacji lub samotnie (wtedy możemy swobodnie przełączać się między bohaterami). Sama gra jest platformówką wypełnioną zagadkami, przeciwnikami oraz ukrytymi przedmiotami do zebrania.
Ilość sekretów może przyprawić o zawrót głowy. Zdobycie ich wszystkich jest sporym wyzwaniem wymagającym wielu godzin grania.