Druga część wyśmienitej gry strategicznej, która w roku 2000 (momencie swej premiery) zachwyciła wszystkich doskonałą i innowacyjną technologią graficzną - rozgrywka toczyła się w całkowicie trójwymiarowo modelowanym terenie, co było swego rodzaju przełomem i wiązało się z całkowicie innym podejściem do tematu dowodzenia oddziałami. W Ground Control 2: Operation Exodus akcja toczy się w 300 lat po wydarzeniach które miały miejsce w pierwszej części, w roku 2741, kiedy to wojna pomiędzy demokratycznym i pokojowo nastawionym Sojuszem Gwiazdy Północnej (Northern Star Alliance), a militarystycznym Imperium Terran weszła w nową fazę.

Siły Imperium wyparły Sojusz ze wszystkich kolonii kosmicznych i zmusiły do obrony ostatniej planety znajdującej się pod jego kontrolą - planety Morningstar Prime. Z chwilą gdy Imperium dokonało pierwszego desantu swych sił na powierzchnię owej planety, wojna zmieniła swój charakter, z potyczek kosmicznych, na ciężką, brutalną i wyniszczającą walkę lądową. Gracz staje się Kapitanem Jacobem Angelusem służących w siłach Sojuszu. Na jego barkach spoczywa główny ciężar pokonania sił inwazyjnych – przegrana nie wchodzi w grę... Morningstar Prime jest ostatnim bastionem Sojuszu Gwiazdy Północnej.