Tytułowa Deponia to planeta pokryta mnóstwem śmieci. Wśród jej mieszkańców sielski żywot prowadzi niejaki Rufus, główny bohater opowieści, choleryk i samolub. Co więcej, nie należy on do miłych ludzi, a jego jedynym marzeniem jest bogactwo i dostatnie życie gdzieś wysoko, w latającym mieście nad powierzchnią znienawidzonej planety. Gdy z jednego z tych miast spada piękna Goal, rozpoczyna się przygoda, która szybko okaże się czymś więcej, niż tylko misją odprowadzenia niewiasty do domu.