Początek warstwy fabularnej omawianej gry następuje niedługo po wydarzeniach, przedstawionych w pierwszej odsłonie GRAW. Trafiamy więc w samo serce hipotetycznego konfliktu granicznego z 2014 roku pomiędzy Stanami Zjednoczonymi a Meksykiem. W tym ostatnim kraju panuje wojna domowa z udziałem sił lojalistycznych i rebeliantów, którzy zagrażają również północnemu sąsiadowi ojczyzny tequili. Kapitan Scott Mitchell wraz ze swoimi podkomendnymi ląduje więc najpierw w rejonie meksykańskiego miasta Ciudad Juarez, aby w późniejszych misjach bronić bezpieczeństwa USA na lewym brzegu Rio Grande w teksańskim El Paso.

Twórcy Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 postanowili ponownie zaprezentować graczom, jak mogą wyglądać i działać żołnierze w niezbyt odległej przyszłości. "Duchy" dysponują więc supernowoczesną bronią i mnóstwem innego prototypowego wyposażenia (m.in. specjalne mundury polowe typu ACU). W zespole pojawia się ponadto lekarz, szybko i sprawnie opatrujący rannych towarzyszy. Dodatkowe wsparcie oferuje np. latający robot rozpoznawczy, silnie opancerzony czołg M1A2 Abrams i wyposażony w rakiety śmigłowiec AH-64D Apache.

Na uwagę zasługuje też znacznie bardziej zaawansowany, w stosunku do poprzedniej części GRAW, interfejs użytkownika. Można dzięki niemu błyskawicznie przełączać się pomiędzy rozmaitymi ujęciami pola bitwy, aby nie było problemu z precyzyjnym planowaniem taktycznym. Autorzy poczynili także postępy w dziedzinie Sztucznej Inteligencji i to zarówno przeciwników, jak i podległych nam żołnierzy.