Akcja Tom Clancy's Ghost Recon 2 toczy się w 2007 roku.

Wydarzenia rozpoczynają się, gdy należąca do Korei Północnej baza rakietowa zostaje użyta do wysłania pocisku przeciwko należącemu do Stanów Zjednoczonych lotniskowcowi stacjonującemu w strefie bezpieczeństwa na granicy z Koreą Południową. Amerykańscy dowódcy szybko podejmują decyzję podjęcia obrony przed możliwymi kolejnymi działaniami komunistycznych władz z Phenianu. Wywiad zaś wysyła na terytorium Korei Północnej Odział Widmo w celu przeprowadzenia szeregu misji rozpoznawczych, które wyjaśnią przyczyny zaistniałej sytuacji. Okazuje się, że została ona przygotowana celowo, aby wywołać konflikt na większą skalę. Amerykanie decydują się, więc na działania sabotażowe. Już po kilku dniach administracja generała Paika pod wpływem pogarszającej się sytuacji podpisuje z USA zawieszenie broni. Komuniści jednak w przyśpieszają przygotowania swojego programu zbrojeń nuklearnych żeby wkrótce rozpocząć nową wojnę. Oddział Widmo zostaje ponownie wysłany za linie wroga, aby zahamować rozwój kolejnych wydarzeń.