Akcja Tom Clancy's Ghost Recon 2 w edycji dla konsol Sony PlayStation 2 i Nintendo GameCube toczy się w 2007 roku. Jest to prequel drugiej wersji tej gry, która została wydana dla platform Microsoft Xbox i komputerów PC. Obie prezentują tylko część głównej historii, zawierają inne misje, poziomy i przerywniki filmowe.

Wydarzenia rozpoczynają się, gdy należąca do Korei Północnej baza rakietowa zostaje użyta do wysłania pocisku przeciwko należącemu do Stanów Zjednoczonych lotniskowcowi stacjonującemu w strefie bezpieczeństwa na granicy z Koreą Południową. Amerykańscy dowódcy szybko podejmują decyzję podjęcia obrony przed możliwymi kolejnymi działaniami komunistycznych władz z Phenianu. Wywiad zaś wysyła na terytorium Korei Północnej Odział Widmo w celu przeprowadzenia szeregu misji rozpoznawczych, które wyjaśnią przyczyny zaistniałej sytuacji. Okazuje się, że została ona przygotowana celowo, aby wywołać konflikt na większą skalę. Amerykanie decydują się, więc na działania sabotażowe. Już po kilku dniach administracja generała Paika pod wpływem pogarszającej się sytuacji podpisuje z USA zawieszenie broni. Komuniści jednak w przyśpieszają przygotowania swojego programu zbrojeń nuklearnych żeby wkrótce rozpocząć nową wojnę. Oddział Widmo zostaje ponownie wysłany za linie wroga, aby zahamować rozwój kolejnych wydarzeń.

Podczas rozgrywki gracz obejmuje dowództwo nad elitarnym oddziałem Ghost Recon. Wchodzący w jego skład żołnierze mają do swojej dyspozycji nowoczesne bronie i gadżety wykorzystujące często eksperymentalne technologie. Z ich pomocą mamy zdecydowanie większe szanse na efektowną walkę z przeważającym liczebnie wrogiem. Wykonanie każdej misji zależy od tego jak sprawnie koordynujemy działania podległych nam członków zespołu. Twórcy gry w tym celu usprawnili system wydawania komend głosowych i interfejs użytkownika. Ponadto nasi żołnierze różnią się zarówno wyglądem, osobowością i umiejętnościami. Wszystkie sterowane przez komputer postacie zostały obdarzone nowym systemem sztucznej inteligencji, dzięki któremu posługują się bardziej zróżnicowanymi taktykami niż w poprzednich grach z serii.

Silnik graficzny Tom Clancy's Ghost Recon 2 wykorzystuje nowoczesne technologie, które pozwoliły na przedstawienie dynamicznego oświetlenia oraz multiteksturowania. Do prezentacji efektu ragdoll, animacji postaci i pojazdów oraz fizyki świata gry wykorzystano odrębny system Havok. W stosunku do poprzednich edycji wprowadzono też nowy typ kamery. Została ona umieszczona nad ramieniem sterowanej przez nas postaci i pozwala na obserwowanie jej reakcji na zmiany w najbliższym otoczeniu.