Gex 3 nawiązuje do obu poprzednich części, ale jednocześnie wprowadza też nowe rozwiązania. Np. jaszczur nie zbiera już wszystkich możliwych gratów, ale tylko owady, co przywodzi na myśl pierwowzór. Jeśli uzbiera ich sto, otrzymuje piloty od których zależy dalszy postęp.

Wachlarz podstawowych umiejętności Gexa nie uległ zmianie, choć twórcy przygotowali więcej atrakcji. Może on teraz używać środków transportu w rodzaju czołgu, osła czy deski snowboardowej. Na niektórych poziomach przyjdzie mu za poza tym pluć ogniem, lodem, pływać i szybować.

Kolejnym sporym novum są grywalni pomocnicy gekona. Jest ich w sumie trzech. Żółw Alfred, lokaj głównego bohatera dbający o jego jaskinię, Rex, czerwony dinozaur, oraz kuzyn Cuz. Ich poczynaniami przyjdzie nam pokierować podczas bonusowych etapów. Niestety, zestaw umiejętności w przypadku wszystkich jest dokładnie ten sam.