Historia ta zaczęła się w Midgar, mieście napędzanym energią mako, w którym potężna korporacja Shinra, wykorzystała swój monopol na tę energię do opanowania wszelkich dziedzin życia i przejęcia władzy politycznej. Reaktory Shinry pokryły całe miasto i zbierały mako przetwarzając ją w skuteczne źródło energii. 

Jednakże energia mako nie była nieskończonym źródłem szczęścia, jak to głosiła Shinra, lecz życiem planety, sama w sobie źródłem wszelkiego życia. Niektórzy zaczęli rozumieć, że jeśli pozwolą na dalsze wykorzystywanie tej enrgii, Planeta umrze. Ci ludzie utworzyli antyshinrowską organizację, którą nazwali "Avalanche" ("Lawina") i podjęli działania wymierzone przeciwko rządowi używając partyzanckich metod. 

W końcu, Avalanche zdecydowało się wysadzić w powietrze jeden z reaktorów mako. Pośród ludzi przydzielonych do tego zadania znalazł się Cloud Strife, były członek elitarnej, shinrowskiej organizacji militarnej SOLDIER. 

Cloud nie okazywał żadnych emocji i nie był związany żadnymi zasadami; był ex-SOLDIEREM i najemnikiem, i nie miał ponadto nic do dodania. Jednak apatia nie mogła otaczać Clouda wiecznie. Uderzenie na reaktor obudziło w nim potrzebę zmierzenia się z lukami tkwiącymi w jego pamięci oraz odnalezienia sensu życia. I może właśnie ta podróż pochłonęłą najwięcej ofiar... 

Od tamtych wydarzeń minęły dwa lata... 

Pomimo że Midgar - miasto energii mako, miasto dostatku - zostało zredukowane do ruin, jego mieszkańcy powoli, lecz miarowo kroczą drogą ku odbudowie. 

Cierpią jednak z powodu tajemniczej choroby zwanej geostigmą. 

Nieuleczalna, przynosi śmierć wszystkim zarażonym, jednemu po drugim, pozbawiając ludzi najmniejszej nadziei. 

I tak oto Cloud, który zrezygnował z życia bohatera, by dalej żyć w samotności, musi znowu wyjść z cienia...