Ponownie zmierzymy się z głównym czarnym charakterem całego cyklu, czyli Almą. Na skutek wydarzeń, których byliśmy uczestnikami w finale F.E.A.R. 2: Project Origin jest ona kolejny raz w ciąży. Jak zwykle pała również żądzą zemsty, chcąc zniszczyć cały gatunek ludzki. Przyjścia na świat nowego „członka rodziny" z niecierpliwością wyczekuje Paxton Fettel - nieprzyjemny, ale genialny żołnierz, doskonale znany fanom poprzednich odsłon cyklu. W grze wystąpi także jego starszy brat, pierworodny syn Almy, Point Man - perfekcyjna maszyna do zabijania i niepokonany w walce wojownik, który był bohaterem pierwszej części. Zanim jednak bohaterowie gry dorobią się rodzeństwa, świat gry będzie wstrząsany wyjątkowo silnymi skurczami przedporodowymi Almy, które wywoływać będą fale uderzeniowe przetaczające się przez wszystkie poziomy.