Akcja gry rozpoczyna się w dystrykcie Auburn, na pół godziny przed końcem wydarzeń przedstawionych w poprzedniej odsłonie. Tym razem wcielamy się nie w postać Point Mana, lecz w skórę Michaela Becketa, członka jednostki antyterrorystycznej Delta. Naszym zadaniem jest aresztowanie Genevieve Aristide, kierowniczki znanej korporacji Armacham, zamieszanej w niszczenie dowodów, świadczących o jej nielegalnych badaniach w dziedzinie bioinżynierii. W trakcie akcji dochodzi jednak do znanego z pierwszej części gry wybuchu, po którym budzimy się w szpitalu. Nie jest to jednak wybawienie, a szybko okaże się, że naszym podstawowym zadaniem będzie walka o przetrwanie.

Klimat F.E.A.R. 2 odpowiada atmosferze japońskich horrorów, których często nieodłącznym elementem jest postać małej, tajemniczej dziewczynki o paranormalnych zdolnościach. W Project Origin osobą tą jest Alma Wade, znana z pierwszego F.E.A.R.-a bohaterka, mająca ścisły związek z niewytłumaczalnymi wydarzeniami wokół nas. W stosunku do poprzedniej części jej umiejętności uległy rozwinięciu - potrafi kontrolować nie tylko ludzkie umysły, ale także w bardzo dużym stopniu wpływać na zjawiska fizyczne, zmieniając w ten sposób ukształtowanie danych lokacji. Alma stała się też bardziej dojrzała – pojawia się teraz pod postacią młodej kobiety.

Fundamentalną rolę w całej rozgrywce pełni walka, polegająca na wymianie ognia z napotkanymi oponentami. Starcia te toczą się zarówno we wnętrzach rozmaitych budynków jak i na zewnątrz, w scenerii zdewastowanego miasta. Autorzy podkreślają wagę przywiązywaną do odwzorowania tej ostatniej. Nowością w stosunku do poprzedniczki jest również obecność robotów bojowych. Mechy mogą być wykorzystywane zarówno przez gracza jak i wrogów, co wprowadza nową jakość do rozgrywki.

Project Origin pozwala odbiorcom na dużą swobodę w kwestii eliminowania przeciwników. Do naszej dyspozycji oddano m.in. opcję zwalniania akcji (bullet time), a także zagwarantowano wysoki stopień interakcji z otoczeniem (możliwość niszczenia lamp, telewizorów, przesuwania przedmiotów, np. mebli o dużych gabarytach, służących następnie jako osłony). Warto zwrócić też uwagę na szeroki zakres typów broni, składający się – oprócz najpopularniejszych broni z jedynki - chociażby z kilku futurystycznych karabinów (m.in. pulsacyjnego) czy miotacza płomieni.

Tytuł grupy Monolith Productions bazuje na zmodyfikowanej wersji autorskiego silnika Lithtech Jupiter Ex, docenionego przez branżowych specjalistów po tym, jak efektownie zastosowano go w First Encounter Assault Recon oraz Condemned: Criminal Origins. Korzystając ze swego narzędzia twórcy F.E.A.R. 2 skupili się na wyeksponowaniu częstych rozmyć obrazu oraz budującej napięcie grze świateł. Elastyczność engine’u przydała się również w projektowaniu nowego trybu multiplayer, pozwalającego odbiorcom na oderwanie się od mrocznej kampanii single i zagłębienie w zabawie sieciowej.