Z kolei tryb kształtowania siedmiu głównych cech protagonisty zaprezentowano w formie lektury specjalnej książeczki dla dzieci, natomiast zapoznawanie się z systemem sterowania przypomina naukę chodzenia. W wieku dziesięciu lat otrzymujemy pistolet-zabawkę na kulki oraz naręczny komputerek Pip-Boy 3000, pozwalający chociażby na podgląd stanu zdrowia, umiejętności i zbioru posiadanych przedmiotów. Dzięki temu urządzeniu słuchamy również stacji radiowych po uprzednim dostrojeniu się do ich częstotliwości. Rozgłośnie serwują nie tylko oryginalną muzykę z lat czterdziestych i pięćdziesiątych XX wieku, ale także podają istotne informacje (np. odnośnie zadań do wykonania). Nasze przygotowania do wyjścia z Krypty 101 kończą się w wieku lat dziewiętnastu, kiedy ruszamy śladem zbiegłego ojca. Jest to rok 2277.

Statystyki głównego bohatera przedstawiono w formie typowego falloutowego systemu S.P.E.C.I.A.L. (siła, percepcja, wytrzymałość itd.). Dowolne trzy spośród czternastu cech można rozwijać nieco szybciej, niż pozostałe. Egzystencja poza Kryptą 101 jest właściwie walką o przetrwanie. Nie można obejść się bez wody (nierzadko radioaktywnej i tym samym koniecznej do neutralizowania medykamentami), pożywienia oraz rzecz jasna broni. Używamy jej w ramach systemu walki o nazwie V.A.T.S. (Vault-Tec Assisted Targeting System), umożliwiającego w oparciu o punkty akcji m.in. zatrzymanie upływu czasu i namierzanie konkretnych części ciała przeciwnika. Eksplorując wirtualny świat poruszamy się po obszarze nieznacznie mniejszym od tego, który widzieliśmy w Oblivionie. Jest to rejon niegdysiejszej stolicy Stanów Zjednoczonych, więc napotykamy jej charakterystyczne ruiny.

Brutalność w Fallout 3 została silnie wyeksponowana. Przykładowo trafiony w głowę wróg żegna się z życiem w asyście rozbryzgującej się na wszystkie strony zawartości czaszki. Sceny tego typu prezentowane są w zwolnionym tempie. Wrogowie kryją się za przeszkodami terenowymi, zbierają się w obliczu zagrożenia w trudne do pokonania grupy etc. Warto zauważyć, że trudność walk nie dostosowuje się, tak jak w Oblivionie, do bieżącego stopnia umiejętności protagonisty, więc odwiedzenie niektórych miejsc jest możliwe dopiero po osiągnięciu odpowiedniego progu doświadczenia (ostateczny to dwudziesty).