Fallout 2 jest grą cRPG której fabuła rozgrywa się w postapokaliptycznym świecie po wojnie jądrowej. Gracz wciela się postać Wybrańca, bezpośredniego potomka Mieszkańca Schronu, bohatera z pierwszej części gry. Starszyzna wioski wybrała cię abyś nosił święty Kombinezon ze Schronu, będący symbolem przywództwa. Najpierw trzeba jednak udowodnić swoim ludziom, że dokonali słusznego wyboru, a następnie wyruszyć w poszukiwaniu pomocy w dzikie odstępy zniszczonego świata. Jeżeli naprawdę jesteś Wybrańcem, to będziesz w stanie samotnie udowodnić swoje pokrewieństwo do Mieszkańca Schronui odzyskać swe dziedzictwo. Wśród wielu cudów opisanych na świętych pożółkłych stronach Poradnika Przetrwania dla Mieszkańców Schronu wymieniony jest Generator Systemu Cudownej Krainy (Garden of Eden Creation Kit), który ma posiadać moc zamienienia martwej pustyni w kwitnący raj. Poradnik twierdzi, że każdy schron posiadał jeden z takich zestawów. Problemu nie stanowią wyczerpujące się zapasy, a chorujące dzieci, zdychające braminy oraz płowiejące pola - ogólnie nadchodząca zagłada wioski. Musisz znaleźć Schron nr. 13, ten sam, który twoi przodkowie musieli opuścić 80 lat temu, aby zdobyć technologię, która pozwoli na przeżycie twojemu plemieniu.