Akcja drugiej części Facetów w czerni dzieje się cztery lata po wydarzeniach, które miały miejsce w oryginale. Agent K zrezygnował już z pracy dla facetów w czerni. Agent J natomiast, dalej pełni swoje obowiązki w tej ściśle tajnej organizacji rządowej zajmującej się monitorowaniem przybyłych na Ziemię przybyszy z kosmosu. W czasie pewnego rutynowego dochodzenia J wpada na trop diabolicznego planu autorstwa podstępnej Serleeny, która pochodzi z planety Kylothian...