Zniszczenie kompleksu badawczego Origin wraz z całą dzielnicą Auburn, okazało się niewystarczające. Alma – tajemnicza dziewczynka, która napędzała nam stracha w grze F.E.A.R.: First Encounter Assault Recon, powraca by siać śmierć i zniszczenie w pierwszym, oficjalnym rozszerzeniu programu, zatytułowanym Extraction Point. Podstawowa wersja gry koncentrowała się na pogoni za psychopatycznym dowódcą armii klonów, Paxtonem Fettelem, którego w końcu dosięgły kule wypluwane z karabinu maszynowego głównego bohatera. W Extraction Point – dodatku zrealizowanym przez studio TimeGate pod ścisłym nadzorem zespołu Monolith Productions, role się odwrócą. Prowadzony przez nas komandos staje się ofiarą, a pozostali przy życiu żołnierze wroga łowcami. Przebijając się przez kolejne kompleksy pełne przeciwników, musimy również pamiętać o Almie, która stanowi śmiertelne zagrożenie dla spójności molekularnej gracza.