Enemy Territory: Quake Wars to gra akcji ukazana z perspektywy pierwszej osoby, przeznaczona przede wszystkim do rozgrywek wieIoosobowych.

Akcja programu toczy się w roku 2065, czyli przed wydarzeniami ukazanymi w grze Quake 2. Na ziemi ląduje armia obcych, zwanych Strogg. Ich celem jest całkowite unicestwienie ludzkości. W inwazji biorą udział zarówno obcy, jak i zaawansowane technicznie cyborgi. Najeźdźcom przeciwstawia się elitarna jednostka komandosów (Global Defense Force lub GDF).

Gracz może kierować żołnierzami jednej ze stron konfliktu. Do wykonania czeka kilkadziesiąt rozmaitych misji, takich jak: obrona strategicznych pozycji czy atak na bazę wroga. Użytkownicy mogą tworzyć własne scenariusze.

Podstawowym trybem rozgrywki jest zabawa wieloosobowa, gdzie jedna grupa graczy kieruje Stroggami, a druga członkami GDF. Duży nacisk położono przy tym na współpracę w ramach drużyny. Każdy gracz ma przypisane określone zadania, a niewykonanie ich kończy się porażką całej drużyny.

Każda ze stron konfliktu dysponuje sporym arsenałem. Siły ziemian mają do dyspozycji szereg konwencjonalnych środków w stylu karabinów maszynowych, pistoletów, granatników czy wyrzutni rakiet. Cybernetyczni obcy używają natomiast różnego typu zaawansowanej technicznie broni, rodem z fantastyki naukowej. Postacie obu stron mogą ponadto kierować rozmaitymi pojazdami (przykładowo samochodami czy ogromnymi robotami - mechami). Żołnierze obu ras mogą należeć do jednej z 10 klas (po 5 na frakcję) i wraz z postępami rozgrywek rozwijać swoje zdolności.

Program korzysta z ulepszonego silnika graficznego zastosowanego w grze Doom 3, który uwzględnia szczegółowo opracowane mapy i rozmaite efekty pogodowе.