Zmiany wprowadzone do Empire Earth 2 nie ograniczają się tylko do tego, co najbardziej oczywiste, czyli nowych jednostek dla każdej cywilizacji. Przede wszystkim rozbudowana została sztuczna inteligencja komputerowego przeciwnika, który jest znacznie bardziej wymagającym oponentem niż w pierwowzorze. Komputer nie tylko reaguje szybciej i bardziej dynamicznie, ale także analizuje taktykę gracza i dostosowuje do niej swoją. Po raz pierwszy w historii serii, autorzy zaimplementowali też wpływ zmiennych warunków pogodowych na zachowanie jednostek. Gracz będzie musiał teraz zmieniać strategię działania w zależności od tego, co aktualnie „dzieje się za oknem”: śnieg, deszcz czy mgła. Aby ułatwić grę ludziom nie przyzwyczajonym do dużej ilości elementów decydujących o sprawnym funkcjonowaniu państwa, w Empire Earth 2 pojawił się specjalny system, który sam przydziela zadania mieszkańcom królestwa, np. uprawę roli. Również w kwestii walki poczyniono podobne ułatwienia. Inteligentniejszy system tworzenia formacji w znaczący sposób poprawi nawigację wojskiem i zminimalizuje sytuację znaną z innych RTS-ów, w których armia sama łamie szyk i wdaje się w przypadkowe potyczki.

Oczywiście nie zapomniano o graczach lubujących się w rozgrywce sieciowej. Zmodyfikowany ranking (Crown System) wprowadził jasne i czytelne zasady przyznawania tymczasowych nagród za wybitne osiągnięcia na polu walki, kultury czy ekonomii. Tryb multiplayer doczekał się ponadto aż dziewięciu wariantów rozgrywki, wśród których pojawiło się kilka nowych rozwiązań, np. Hot Spots, polegający na utrzymaniu strategicznie ważnych przyczółków. Poza tym, rozbudowano statystki, tryb turniejowy oraz możliwość rejestrowania potyczek.