Akcja filmu rozgrywa się w Anglii w roku 1554. Na tronie zasiada Królowa Maria I (Kathy Burke), której krwawe rządy doprowadziły kraj do ruiny finansowej. Na niestabilnym dworze królewskim aż roi się od spisków i intryg. Sama królowa, nie uznając pochodzenia swojej młodszej przyrodniej siostry Elżbiety (Cate Blanchett), córki Henryka VIII i Anne Boylen, osadza ją w więzieniu Tower. Po śmierci Marii władzę obejmuje prawowita następczyni - księżniczka Elżbieta. Młoda królowa musi szybko dorosnąć, zapomnieć o miłości do powracającego z wygnania Roberta Dudley'a (Ralph Fiennes) i zająć się sprawami kraju. Jej główny doradca Sir William Cecil (Richard Attenborough) sugeruje, aby dla dobra kraju poślubiła Francuza Duca d'Anjou (Vincent Cassel) lub wdowca po Marii, Króla Filipa Hiszpańskiego. Królowa odrzuca obu kandydatów. Tymczasem francuska księżna Maria de Guise z rodu Gwizjuszów (Fanny Ardant) mobilizuje armie na granicy szkockiej, stwarzając realne zagrożenie dla Anglii. Samotna królowa nie jest bezpieczna na swoim dworze, gdzie cały czas przebywają jej wrogowie. Podejmuje ryzykowną decyzję podjęcia walki, która kończy się poniżająca porażką. Zdruzgotana królowa szuka oparcia u mistrza intryg i przeszpiegów Sir Francisa Walsinghama (Geoffrey Rush). Ten zaufany doradca usuwa z drogi królowej nieprzechylną jej Marię de Guise. Popierana przez silnego Walsinghama, królowa zaczyna umacniać swoją pozycję na dworze, usuwając wrogów i opozycję.

"Elizabeth" to film kostiumowy, którego realizację powierzono reżyserowi z Bombaju Shekharowi Kapurowi.