Archiwum X to sekcja FBI, powołana przez Hoovera do badania wszelkich zjawisk niewyjaśnionych i paranormalnych. Jedynymi pracownikami sekcji są entuzjastyczny Fox Mulder i sceptyczna Dana Scully. Serial utrzymany jest w paradokumentalnej konwecji (dokładna data i miejsce zdarzeń). W kolejnych epizodach agenci rozwiązują zagadki tajemniczych zdarzeń mających miejsce na terenie USA
DYSK 1
Odcinek 1: PILOT
Agenci FBI Fox Mulder i Dana Scully prowadzą swoje pierwsze wspólne dochodzenie w sprawie z Archiwum X. Śledztwo dotyczy serii tajemniczych śmierci powiązanych, jak sądzi Mulder, z uprowadzeniem przez istoty pozaziemskie.
Odcinek 2: DEEP THROAT
Informacja od tajemniczego urzędnika rządowego naprowadza agentów na ślad zaginionych pilotów oblatywaczy oraz ukrywanego przez władze miejsca, w którym najprawdopodobniej ląduje UFO.
Odcinek 3: SQUEEZE
Mulder i Scully mają zatrzymać Eugene’a Toomsa. Tooms jest seryjnym mordercą, mutantem, który potrafi przecisnąć się przez najwęższe szczeliny, by dotrzeć do swych ofiar.
Odcinek 4: CONDUIT
Agenci prowadzą dochodzenie w sprawie tajemniczego zniknięcia dziewczynki. Mulder przywołuje wspomnienia uprowadzenia własnej siostry przez istoty pozaziemskie.
DYSK 2
Odcinek 5: THE JERSEY DEVIL
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie serii brutalnych napadów, których - jak się wydaje - dokonało mięsożerny ludzki potwór.
Odcinek 6: SHADOWS
Agenci badają tajemniczą, niewidzialną siłę ochraniająca pewną młodą kobietę. Mulder sądzi, że jej opiekunem jest duch.
Odcinek 7: GHOST IN THE MACHINE
Mulder i Scully muszą pokonać komputer wyposażony w sztuczną inteligencję, który może zabijać we własnej obronie.
Odcinek 8: ICE
Agentom, uwięzionym w stacji badawczej na Antarktydzie zagraża pasożyt przejmujący kontrolę nad umysłami ludzi.
DYSK 3
Odcinek 9: SPACE
Ktoś sabotuje misję promu kosmicznego. Agent Mulder podejrzewa, że winę ponosi zły duch pochodzący z kosmosu, który opanował ciało jednego z kosmonautów.
Odcinek 10: FALLEN ANGEL
Przyszłość Archiwum X staje pod znakiem zapytanie, kiedy agent Mulder w tajemnicy bada tajne, rządowe projekty, które mają na celu zatuszowanie informacji na temat katastrofy UFO.
Odcinek 11: EVE
Mulder i Scully prowadzą poszukiwania dwóch dziewcząt, które zaginęły po tym, jak ich ojcowie zostali zabici w dokładnie taki sam sposób.
Odcinek 12: FIRE
W tym odcinku agenci Archiwum X pracują wraz z inspektorem ze Scotland Yardu. Mają odnaleźć człowieka, który potrafi wzniecać ogień siłą umysłu, i który wybrał na swe ofiary członków brytyjskiej arystokracji.
DYSK 4
Odcinek 13: BEYOND THE SEA
Scully uważa, że przeczucia więźnia z celi śmierci są jedyną szansą na powstrzymanie wyjątkowo groźnego mordercy.
Odcinek 14: GENDER BENDER
Członek pewnej sekty, który potrafi zmieniać płeć, staje się głównym podejrzanym o dokonanie serii niezwykle brutalnych mordów.
Odcinek 15: LAZARUS
Duch niebezpiecznego kryminalisty opętuje agenta FBI - byłego chłopaka Scully.
Odcinek 16: YOUNG AT HEART
Przestępca, który jakoby umarł w więzieniu lata temu, mści się na agencie Mulderze.
DYSK 5
Odcinek 17: E.B.E.
Zestrzelony na Bliskim Wschodzie statek kosmiczny jest w tajemnicy przewożony do Stanów Zjednoczonych. Mulder i Scully trafiają na ślad pasażera statku - przybysza z innej planety.
Odcinek 18: MIRACLE MAN
Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent do leczenia i ... zabijania.
Odcinek 19: SHAPES
Agenci prowadza śledztwo w indiańskim rezerwacie w sprawie serii morderstw wiązanych z legendarnym wilkołakiem.
Odcinek 20: DARKNESS FALLS
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci drwali, za którą odpowiedzialne mogą być tajemnicze owady.
DYSK 6
Odcinek 21: TOOMS
Eugene Tooms - seryjny morderca, mutant żywiący się ludzką wątrobą - zostaje zwolniony z więzienia. Mulder i Scully muszą go powstrzymać, zanim znów zacznie zabijać.
Odcinek 22: BORN AGAIN
Agenci prowadzą śledztwo w sprawie kilku zabójstw, z którymi powiązana jest pewna dziewczynka. Wszystko wskazuje na to, że wcielił się w nią duch zamordowanego policjanta.
Odcinek 23: ROLAND
Giną naukowcy z pewnego ośrodka badawczego, pracujący nad silnikiem najnowszej generacji. Ku zdziwieniu agentów, wszystko wskazuje na to, że za morderstwa odpowiedzialny jest opóźniony umysłowo sprzątacz.
Odcinek 24: THE ERLENMEYER FLASK
Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Sully znajduje dowody, że rząd prowadzi eksperymenty na ludziach łącząc ich DNA z DNA przybyszów z kosmosu.
