6. Nieznana przeszłość cz. 1.

Gdy Żółwie powracają z kosmosu trafiają z powrotem na pokład statku Obcych, którzy teleportowali ich przez pół wszechświata. Z pomocą nowych przyjaciół Żółwie ponownie przejdą przez teleportal czasowy i odkryją zaskakujące informacje na temat ich przeszłości.

7. Nieznana przeszłość cz. 2.

Żółwie wraz ze Splinterem udają się w wirtualną podróż, aby dowiedzieć się więcej na temat swojego pochodzenia oraz dawnego życia w Japonii. Nasi bohaterowie dowiadują się wkrótce, że ich podróż nie jest wirtualnym snem na jawie, lecz prawdziwym horrorem, z którego mogą nie wyjść z życiem.

8. Nieznana przeszłość cz. 3.

Żółwiom wraz ze Splinterem udaje się cudem wrócić z wirtualnej rzeczywistości z powrotem. Niestety, tuż po powrocie trafiają na komitet powitalny w postaci Shreddera i całej jego ekipy. Ogromna bitwa doprowadza do zawalenia się budynku TCRI. Ciekawe, czy tym razem nasi bohaterowie wyjdą z tego cało.

9. Wspomnienia.

Podczas odpoczynku Żółwie snują wspomnienia. Okazuje się, że o czymkolwiek by mówiły, w opowieściach za każdym razem powraca Shredder. Wydaje się, jakby był znaczącą częścią ich życia. Czy nie nazbyt znaczącą? A może miał coś wspólnego z powstaniem Żółwi?