Bourne'owi i Marie przez dłuższy czas udawało się utrzymywać swoją anonimowość, żyjąc nieco na uboczu. Jednak nękany koszmarami z przeszłości, której nadal nie jest w stanie w pełni zrozumieć, Bourne nigdzie nie może dłużej zagrzać miejsca. Kiedy pewnego dnia w sennym miasteczku, będącym kolejnym przystankiem Bourne'a i Marie pojawia się podejrzany osobnik, nie pozostaje im nic innego, jak tylko zebrać się i uciekać.

Jednak, kiedy gra w kotka i myszkę na arenie międzynarodowej toczy się o wyjątkowo wysoką stawkę, do akcji ponownie wkracza Jason Bourne stworzony przez Treadstone – tajną, obecnie rozwiązaną organizację, która wykreowała zastępy zimnych, bezwzględnych profesjonalnych zabójców. Jak się okazuje, nie jest tak łatwo zerwać ze swoją przeszłością...