Akcja Ataku klonów rozgrywa się dziesięć lat po wydarzeniach przedstawionych w Mrocznym widmie. W galaktyce zaszło wiele istotnych zmian. Anakin Skywalker (Hayden Christensen), Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) i Padme Amidala (Natalie Portman) spotykają się po raz pierwszy od czasu konfliktu między Federacją Handlową a Naboo - rodzinną planetą Padme. Anakin wyrósł na obiecującego Jedi, ucznia Obi-Wana, który po śmierci swego mistrza Qui-Gon Jina zyskał miano nauczyciela; Padme natomiast zasiada w galaktycznym senacie. Anakin i Obi-Wan otrzymują zadanie chronienia Padme, której grozi śmierć ze strony płatnych zabójców działających na zlecenie ruchu separatystycznego. Między Anakinem i Padme rodzi się uczucie. Oboje czują się rozdarci między poczuciem obowiązku i honorem a osobistym szczęściem i zakazaną miłością. Muszą dokonać brzemiennych w skutki, trudnych wyborów, które wpłyną nie tylko na ich własne losy ale zaważą na przyszłości całej galaktyki...