W nie tak dalekiej przyszłości Ziemia zostaje napadnięta przez obcych. Największe miasta zostają zniszczone, populacja jest zdziesiątkowana, obcy przejmują władzę nad planetą. Ci, którzy przeżyli, muszą znaleźć sposób na przetrwanie i odzyskanie Ziemi. Dwójka bohaterów, Aki Ross i jej mentor, Dr Sid opracowują plan, którego zrealizowanie dla wielu wydawałby się możliwe tylko z pomocą całej armii. Opierając się na swojej chwiejnej teorii , Sid planuje kontratak na bazę obcych. Bohaterowie wierzą, że każda forma życia posiada duszę, która może zostać ukazana i opanowana.

Zorientowali się, że obcy najeźdźcy karmią się duszami zmarłych. Aki i Dr Sid zbierają żywe organizmy, których naznaczone dusze mają stać się przeciwieństwem dusz znajdujących się w bazie obcych. Dusze, w efekcie, wzajemnie się neutralizują, rozbrajając obcych. Po znalezieniu sześciu z ośmiu niezbędnych do stworzenia fali dusz, zdesperowani ludzie muszą znaleźć dwie brakujące, zanim ich czas się skończy.