Akcja Chirality rozgrywa się w postapokaliptycznym świecie zniszczonym wojną z maszynami, Podczas gdy armia cyborgów nie przerywa ataków na ludzi, jedyną szansą unikniecia zagłady jest przedostanie się do wnętrza owrogiego systemu komputerowego, Tego zadania podejmuje się dziewczyna imieniem Shiori oraz cybernetyczna postać Carol Guardian, Dziewczyny darzą się ogromnym uczuciem, ale czy pomoże im to w ratowaniu ludzkości?