Duke Nukem 3D to trzecia część serii o niesamowitym księciu walczącym z przestępcami, mafiami, a nawet przerażającymi obcymi z kosmosu. W porównaniu z poprzednimi częściami, wykonanymi całkowicie w 2D, gra się przełomem przenosząc rozgrywkę na pełni trójwymiarowe środowisko graficzne oraz wprowadzając możliwość gry wieloosobowej.

Jej akcja przenosi nas do XXI wieku na teren miasta Los Angeles, gdzie jako Duke walczymy z obcą rasą przybyłą z kosmosu, po kolei infekującą mieszkańców miasta zamieniając ich w obrzydliwe potwory. Do naszej dyspozycji oddano spory arsenał śmiercionośnych broni oraz równie wiele gadżetów jak np. noktowizor czy plecak odrzutowy.