Hiszpania, przełom XVIII i XIX ww. Burzliwe czasy, obfitujące w niepokoje i cierpienia. Święta Inkwizycja zaostrza walkę z heretykami i wyznawcami liberalnej myśli oświeceniowej. Pochodząca z zamożnej chrześcijańskiej rodziny piękna Ines (Natalie Portman) jest muzą Francisco Goi (Stellan Skarsgĺrd), nadwornego malarza króla Hiszpanii. Żyjąc z portretowania wpływowych ludzi, Goya „po godzinach” z pasją uwiecznia zwyrodnienia Inkwizycji, okrucieństwa wojen, barbarzyństwo i głupotę ludzką. Niespodziewanie młodziutka Ines zostaje oskarżona o herezję i skazana na długi pobyt w więzieniu. Goya prosi o pomoc w uratowaniu dziewczyny zaprzyjaźnionego mnicha, brata Lorenzo (Javier Bardem).