Wario: Master of Disguise to kolejna pozycja, traktująca o przygodach Wario, czyli złego bliźniaka popularnego hydraulika imieniem Mario. Tym razem bohatera spotykamy podczas oglądania serialu o pewnym złodzieju – Mistrzu Kamuflażu. Ujrzawszy go Wario daje nura w telewizyjny ekran i zabiera przestępcy różdżkę, pozwalającą na szybką zmianę wyglądu. Wszystko po to, aby rozpocząć przemierzanie epizodu po epizodzie w poszukiwaniu antycznego artefaktu, spełniającego życzenia.

Podczas serialowej podróży, zahaczającej o wiele egzotycznych miejsc, Wario wykonuje dziesięć misji. Dla ułatwienia zadania developerzy przygotowali osiem wizerunków, którymi protagonista może się posłużyć (m.in. złodzieja i astronauty). Na początku dostępny jest tylko jeden kostium – pozostałe znajduje się w trakcie zabawy. Zakładając je uzyskuje się specjalne zdolności, mogące przydać się przy rozwiązywaniu łamigłówek.

Konstrukcja gry wymaga cofania się do wcześniejszych lokacji, aby móc spenetrować je z nowo zdobytymi umiejętnościami. Na każdej planszy na bohatera czeka wielu zróżnicowanych przeciwników, z którymi oczywiście staje on w szranki. Są to inni poszukiwacze magicznego artefaktu, pętające się po levelach kreatury i banda Mistrza Kamuflażu, pragnącego odzyskać swoją różdżkę. Ponadto każdy poziom wieńczy spotkanie z bossem – pokonanie go wymaga użycia sprytu i przyodziania odpowiedniego kostiumu.

Aby nie pogubić się w tym wszystkim, zaimplementowano tutorial, pomocny w zorientowaniu się w rozgrywce. Użytkownik przemieszczając się wzdłuż platform i wykonując skoki posługuje się d-padem. Stylusa natomiast wykorzystuje do przybierania co rusz to innego wizerunku. Jest on również potrzebny do zaliczenia ośmiu mini-gier, które pozwalają na otwarcie tajemniczych szkatułek. Zazwyczaj znajdują się w nich elementy przebrania bądź skarby.