Pokemon Mystery Dungeon Blue Rescue Team (na GBA jednocześnie wydano Red Rescue Team) ponownie przenosi nas do świata tych fascynujących stworzeń, jakimi są Pokemony. Tylko tym razem sami wcielamy się w Pokemona.

Dokładniej mówiąc, bohater jest człowiekiem, przemienionym w Pokemona, a nasze zadanie to ocalić zagrożony Poke-świat. Na początku przygody rozpoczynamy podróż z jednym towarzyszem (liczba ta ulega zwiększeniu w trakcie rozgrywki). Przemierzając świat napotykamy inne stworzenia, z którymi można nawiązać interakcję. Jedne przekazują nam tylko istotne informacje, inne zlecają zadania, a jeszcze inne potrzebują nagłej pomocy. Nasz bohater przyjmuje nowe misje (poprzez listy, tablice lub bezpośrednio od napotkanych postaci), które potem musimy wykonać. Większą cześć gry spędzamy w losowo generowanych lochach, ale są też dostępne liczne jaskinie czy lasy. Podczas przebywania pod ziemią nasza postać stopniowo robi się głodna. Gdy nie znajdziemy nic do jedzenia wskaźnik życia zaczyna spadać.

Walki toczą się w systemie turowym. Podczas swojej kolejki możemy poruszyć drużynę, zaatakować wręcz lub użyć specjalnej umiejętności. Tak jak poprzednio, Pokemony mogą jednocześnie znać tylko cztery dodatkowe umiejętności.