Madagascar jest platformówką, opartą na animacji komputerowej (polski tytuł: Madagaskar), stworzonej przez wytwórnię DreamWorks. Film opowiada losy lwa Alexa, żyrafy Melmana, hipopotamicy Glorii i zebry Marty'ego. Zwierzęta są mieszkańcami nowojorskiego zoo. Pewnego dnia podjęta zostaje decyzja o przewiezieniu ich do Afryki i wypuszczeniu tam na wolność. Transportujący jest statek rozbija się, wskutek czego bohaterowie trafiają na egzotyczną wyspę Madagaskar.

Gracz kontroluje jedno z czterech dostępnych zwierzątek, które muszą przezwyciężyć trudności, stawiane im przez bohaterów filmowych i stworzonych na potrzeby gry. Zadanie polega na takim wykorzystaniu każdej z posiadanych oraz dopiero rozwiniętych umiejętności zwierząt, aby pomóc im w nierzadko niebezpiecznych przygodach napotkanych w Nowym Jorku i na wspomnianej wyspie. Ulepszanie skoków, pływania, ryczenia, drapania, czołgania jest niezbędne do przeżycia.

Użytkownik posiada możliwość przetestowania zdolności w zależności od otoczenia w jakim aktualnie bohaterowie się znajdują. Wszystko to dostępne jest w szeregu mini-gier oraz dwunastu poziomach wypełnionych akcją, przedstawiających miedzy innymi ucieczkę Marty'ego z zoo. Możliwe jest również, w celu wyśrubowania wyniku punktowego i osiągnięcia jak najlepszego czasu, wielokrotne wykonywanie zadań poprzez powtarzanie konkretnego levelu. Jest to niezwykle opłacalne, ponieważ pozwala na odblokowywanie bonusów.

Posługując się stylusem i ekranem dotykowym, użytkownik ma możliwość uruchamiania mini-gier, dostępnych wyłącznie na platformie Nintendo DS. Miedzy innymi należy pomóc pingwinowi utrzymać się na krze lodu, w momencie, gdy łowi ryby. Dodatkowym i dużym atutem jest możliwość grania w trybie multiplayer poprzez użycie bezprzewodowego połączenia typu Wi-Fi.