Cookie & Cream to wypełniona akcją platformówka przygotowana wyłącznie z myślą o posiadaczach dwuekranowej konsoli Nintendo. Stanowi ona kontynuację gry traktującej o przygodach tytułowych bohaterów, która została wydana w 2001 roku na konsolę PlayStation 2. Tym razem zadanie pary królików polega na odnalezieniu księżyca, który został ukryty. Od powodzenia ich misji zależy, czy odbędzie się Księżycowy Festiwal.

W tym celu Cookie i Cream muszą przemierzyć osiem zróżnicowanych wirtualnych światów, wśród których znajdują się zarówno pustynie, jak i lokacje wypełnione wodą. Bohaterowie mają także sposobność poruszania się po uniwersum muzyki czy psikusów. Wszędzie tam dzielne króliki rozwiązują proste zadania logiczne i stają w szranki z napotkanymi przeciwnikami. Niejednokrotnie chcąc przetransportować bohaterów we wskazane miejsce, gracze muszą przesunąć ruchome platformy (poprzez dmuchanie do mikrofonu) czy uaktywnić odpowiedni mechanizm otwierający zablokowane wejście.

Cookie zwiedza zakamarki wirtualnej wyspy na górnym ekranie, natomiast Cream przemierza kolejne lokacje na wyświetlaczu dolnym. Chcąc wyjść cało ze starć z oponentami lub znaleźć rozwiązanie danego zadania, bohaterowie muszą ze sobą współpracować. Pojedynczy gracz steruje poczynaniami obu zwierzaków, aczkolwiek może on powierzyć kierowanie jednym z królików innemu użytkownikowi (tryb kooperacyjny). Istnieje również możliwość, by cztery osoby podzielone na dwa zespoły stanęły ze sobą do rywalizacji poprzez Wi-Fi. Chcąc uatrakcyjnić zabawę, developerzy poza głównym modułem zaoferowali też dziewięć wymagających mini-gier.