Sequel znakomitej gry akcji wydanej w roku 2000, która umiejętnie łączyła elementy cRPG z wciągającą cyberpunkową fabułą. Druga część rozgrywa się w roku 2072, w 20 lat po wielkiej ekonomicznej katastrofie i wydarzeniach, które miały miejsce w Deus Ex, gracz zaś wciela się w rolę cybernetycznie ulepszonego agenta Alex Dentona (dodatkowo, dla żeńskiej części graczy, przygotowano kobiecą bohaterkę). Akcja gry rozpoczyna się w momencie, gdy nasz bohater (lub bohaterka) ucieka z Chicago, tuż przed zniszczeniem akademii Tarsus w wyniku samobójczego ataku terrorystycznego, gdzie wraz z kolegami doskonalił swe umiejętności. Przenosi się do alternatywnej lokacji w Seattle, lecz i tu dopada go konflikt pomiędzy ogromnymi korporacjami i różnymi organizacjami terrorystycznymi, które w różny sposób widzą przyszłość świata po wielkiej katastrofie.

Fabuła Deus Ex: Invisible War jest jeszcze bardziej nieliniowa niż poprzednio, występują tu liczne rozwidlenia w kluczowych dla opowiadanej historii punktach i nieoczekiwane zwroty akcji. Każdy problem można też rozwiązać na kilka różnych sposobów (np. można wyciągnąć od kogoś informacje przekupując go, włamując się do jego komputera, czy też używając brutalnej siły). Gracz ma też sporą dowolność w dobieraniu sobie sojuszników i stron konfliktu (system reputacji). Wykonując kolejne misje i zadania trafia w miejsca rozrzucone po całym świecie. Akcja toczy się m.in. w Stanach Zjednoczonych, Egipcie, Niemczech czy Antarktyce, przy czym zaprezentowany świat jest bardzo interaktywny, zamieszkują go postacie charakteryzujące się własnym stylem zachowania, taktyką postępowania, czy inteligencją. Postępowanie NPC-tów zależy nie tylko od sposobu prowadzenia rozmowy z nimi, ale również ich wiedzy o naszych dotychczasowych poczynaniach.

Deus Ex: Invisible War oferuje rozbudowany system rozwoju postaci głównego bohatera i całą gamę bio-wszczepów poprawiających poszczególne parametry postaci (m.in. wszczep pozwalający na widzenie przez ściany, skakanie na wysokość 40 stóp, czy regenerujący obrażenia). Ponadto, gdy zawiodą wszystkie bezkrwawe i „ciche” sposoby na rozwiązanie pewnego problemu, to można skorzystać z poważnych argumentów, w postaci różnych broni, w tym: ostrze energetyczne, granaty, shotgun, karabin snajperski, wyrzutnia rakiet, pociski kierowane, broń obezwładniająca, itd.

Gra oparta jest o najnowszy silnik graficzny Unreal Warfare, co gwarantuje bardzo ładną trójwymiarową grafikę, szczegółowe lokacje, czy modele postaci. Za odtworzenie warunków fizycznych odpowiada zaś niezwykle zaawansowany engine irlandzkiej firmy Havok, który obecnie uważany jest za najlepszy na rynku.