Deus Ex: Invisible War to kontynuacja znakomitej gry akcji z 2000 roku, która umiejętnie łączyła w sobie elementy cRPG z wciągającą cyberpunkową fabułą. Druga część rozgrywa się w roku 2072, w 20 lat po wielkiej ekonomicznej katastrofie i wydarzeniach, które miały miejsce w Deus Ex. Gracz wciela się w rolę cybernetycznie ulepszonego agenta Alex Dentona (może to być mężczyzna lub kobieta). Akcja Invisible Warrozpoczyna się w momencie, gdy nasz bohater (lub bohaterka) ucieka z Chicago, tuż przed zniszczeniem akademii Tarsus w wyniku samobójczego ataku terrorystycznego. Przenosimy się do alternatywnej lokacji w Seattle, lecz i tu dopada nas konflikt pomiędzy ogromnymi korporacjami i różnymi organizacjami terrorystycznymi, które w różny sposób widzą przyszłość świata po wielkiej katastrofie.

Fabuła Deus Ex: Invisible War jest jeszcze bardziej nieliniowa niż poprzednio, występują tu liczne rozwidlenia akcji w kluczowych dla opowiadanej historii punktach i nieoczekiwane zwroty akcji. Każdy problem można też rozwiązać na kilka różnych sposobów (np. można wyciągnąć od kogoś informacje przekupując go, włamując się do jego komputera, czy też używając brutalnej siły). Gracz ma też sporą dowolność w dobieraniu sobie sojuszników i stron konfliktu (system reputacji). Wykonując kolejne misje i zadania trafia w miejsca rozrzucone po całym świecie. Akcja toczy się m.in. w Stanach Zjednoczonych, Egipcie, Niemczech czy Antarktyce, przy czym zaprezentowany świat jest bardzo interaktywny, zamieszkują go postacie charakteryzujące się własnym stylem zachowania, taktyką postępowania, czy inteligencją. Postępowanie NPC-tów zależy nie tylko od sposobu prowadzenia rozmowy z nimi, ale również ich wiedzy o naszych dotychczasowych poczynaniach.