Deus Ex: Bunt ludzkości jest kolejną odsłoną słynnej serii gier action RPG, osadzoną w cyberpunkowej wizji przyszłości. "Trójka" jest prequelem dla poprzednich części, a za jej powstanie nie odpowiada już ekipa Ion Storm, lecz montrealskie studio firmy Eidos. Pomimo tego fabuła gry przygotowana została we współpracy z autorem scenariusza wcześniejszych odsłon - Sheldonem Pacottim. Produkcja otrzymała też wsparcie ze strony Harveya Smitha i Warrena Spectora, czyli twórców pierwowzoru.

Akcja Buntu ludzkości rozpoczyna się w 2027 roku w Detroit. Wcielamy się w rolę Adama Jensena, przeciętnego faceta pełniącego funkcję szefa ochrony w firmie Sarif Industries, prowadzącej badania nad biomechanicznymi ulepszeniami. W przyszłości to właśnie one doprowadzą do powstania znanych z poprzednich odsłon nanowszczepów.

Pewnego dnia życie bohatera całkowicie się zmienia - do głównej siedziby laboratorium wdziera się oddział sił specjalnych i urządza prawdziwą rzeź. W dodatku atak ten umożliwiły plany budynku sporządzone własnoręcznie przez Jensena. Sam Adam zostaje poważnie ranny i zapada w śpiączkę. Po przebudzeniu mężczyzna odkrywa, że został uratowany dzięki licznym operacjom i biomechanicznym modyfikacjom ciała. Wstęp, do momentu wspomnianej rzezi, jest interaktywny, bierzemy w nim udział i widzimy całą akcję na własne oczy. Po powrocie do zdrowia na Adama czeka skomplikowana intryga do rozwiązania.