W apokaliptycznej przyszłości Dark Reign 2, ekologicznie niestabilna Ziemia znalazła się pod represyjnymi, policyjnymi rządami Jovian Detention Authority. Dowodzona przez ziemską elitę, która za wszelką cenę nie chce utracić swej pozycji, JDA pacyfikuje ludność zamieszkującą toksyczny, radioaktywny świat poza miastami. Wśród represjonowanej ludności tworzy się ruch oporu zwany Sprawlers, wykorzystujący niekonwencjonalne technologie i broń aby przeciwstawić się JDA w ostatecznym rozdziale dramatu przed którym stanęła cała Ziemia. Walki toczą się na ziemi, lądzie i w powietrzu, a gracz może wybrać stronę konfliktu mając przed sobą 20 misji do wykonania.

Dark Reign II posiada w pełni trójwymiarową grafikę wykorzystującą technologię Intela MRM (multi- resolution mesh) optymalizującą grę pod względem mocy procesora. Interface zarządzania drużyną pozwala na grupowanie i ustawianie jednostek oraz kontrolowanie ich na obszarze całej mapy. Zarządzanie budynkami odbywa się również z dowolnego miejsca. Trójwymiarowe scenariusze walk oferują rozgrywkę w różnorodnych warunkach, zarówno dnia i nocy jak i przy ekstremalnej pogodzie. Opcje rozgrywki wieloosobowej umożliwiają grę przez Internet w trybach współpracy, drużynowej lub aliansów. Tryb powtórek zapisuje bitwy, które można później odtworzyć i przeanalizować ich przebieg lub wysłać znajomemu przez sieć.