Podobnie jak w przypadku pierwszej odsłony serii, historia w sequelu opiera się na tym samym schemacie, chociaż akcja została przeniesiona z wnętrza budynku szkolnego na tropikalną wyspę. Głównym bohaterem gry jest chłopak o imieniu Hajime Hinata, który jest jedną z wielu osób rozpoczynających naukę w elitarnej prywatnej szkole średniej. Przyjmuje ona jedynie kandydatów odznaczających się niesamowitymi osiągnięciami na różnych, często dziwnych, polach zainteresowań i specjalizacji. Na początku rozgrywki Hajime cierpi jednak na amnezję i nie może sobie przypomnieć czym zasłużył sobie, aby wstąpić w szeregi studentów akademii. W trakcie szkolnej wycieczki klasa protagonisty dowiadu

je się z ust dwóch sterowanych elektronicznie maskotek o imieniu Monokuma oraz Monomi, że aby wydostać się z wyspy na, którą trafili muszą zamordować kolegę lub koleżankę tak, by nie zostać złapanym przez pozostałych. Jeżeli tego nie zrobią będą więźniami, którzy spędzą całe swoje życie na odosobnionym skrawku lądu z centrum wypoczynkowym.

Model rozgrywki przypomina popularną serię Ace Attorney i praktycznie nie zamienił się w porównaniu do pierwszej części. Jak w wielu innych standardowych visual novel akcję obserwujemy z perspektywy pierwszej osoby i śledzimy dialogi postaci wyświetlane na ekranie, którym towarzyszą dwuwymiarowe portrety mówiących. Wszystkie lokacje przedstawione zostały w trójwymiarze, chociaż nie możemy się po nich swobodnie poruszać. Każdy rozdział gry podzielony został na fazy. W pierwszej rozmawiamy z wybranymi przez nas uczniami, budując z nimi relację oraz zdobywając w ten sposób specjalne umiejętności przydatne w śledztwach. W drugiej dochodzi do morderstwa i przenosimy się na miejsce zbrodni. Możemy wówczas zdobywać zeznania świadków oraz zbierać dowody. W ostatnim dochodzi do procesu, w którym wszyscy uczniowie muszą wyznaczyć wspólnie mordercę. Każdy przedstawia swoje racje i teorie, a gracz dzięki zebranym dowodom ma okazję za pomocą zręcznościowej minigry sprzeciwić się wyrażonym konkluzjom. Jeśli morderca zostanie wybrany poprawnie zostaje on skazany na śmierć przez sędziego w procesie, którą jest wspomniana już maskotka.

Oprawa graficzna jest wyjątkowo kolorowa i surrealistyczna mimo dość ponurej tematyki gry. Projekty postaci są mocno przerysowane i karykaturalne. Jak już zostało wspomniane tytuł łączy trójwymiarowe tła z dwuwymiarowymi statycznymi portretami bohaterów.